Es el periodo que va desde el inicio de la construcción del santuario de María Auxiliadora de Huancayo (1963), signo del espíritu modernizador del Concilio Vaticano II, hasta el cambio de siglo. Durante estos años el predio de los Salesianos quedó dividido con el trazado de la avenida Huancavelica, lo que dio inicio a la gestación de una nueva obra al otro lado de la vía: la Ciudad de los Niños, convertida en Centro Juvenil y posteriormente centro de educación técnica. Con la celebración de las Bodas de Oro (1973) se inauguró el santuario y comenzó a organizarse el Museo Salesiano de Huancayo, con el impulso del padre Vicente Rasetto. Desde 1992 se estableció en el Centro Juvenil una segunda comunidad religiosa salesiana en Huancayo, puesta bajo la advocación de San José Obrero.

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Corresponde a las gestiones del P. Cayetano Martignon (1962-1965), P. Augusto Peñaloza (1966-1968), P. Alejandro Santisteban (1969-1974), P. Justo Dávila (1975-1980), P. Mario Mosto (1981-1986), P. Casimiro Kochanek (1987-1988), P. Pablo Corante (1989-1992), P. Marco Monzón (1993-1995) y P. Jaime Payano (1996-2001) como los directores de la comunidad Santa Rosa. Simultáneamente se desempeñaron como directores de la obra salesiana adyacente cuando era Ciudad de los Niños el P. Mauricio Barbarín (1965-1966) y el P. Augusto Peñaloza (1967), como Centro Juvenil y de educación técnica el P. Marco Gonzáles Ruiz (1968-1985), P. Juan Pytlik (1988-1990) y P. Jorge Luis Siesquén (1991-1993), y desde su erección como comunidad San José Obrero fue director el P. Matías Lara (1994-2000).